在日留學期間，林秋錦曾參加1934年的「鄉土音樂訪問團」以及1935年的「震災義捐音樂會」，同時參與這兩次音樂巡迴演出的大都是當時留學日本習樂的台灣學生。其中林秋錦在「鄉土音樂訪問團」演出曲目為貝多芬的歌劇《里昂烈特》選曲＜我心慕你＞和威爾第的《火焰在燃燒》。自1935年至1950年初，林秋錦在母校長老教女學校擔任音樂教師近20年，以音樂家的熱忱創設長榮女中合唱團，義務個別指導學生，並經常舉辦校內外音樂會，對日治時期台灣南部音樂風氣的倡導，貢獻良多。1947年台灣文化協進會舉辦第一屆音樂比賽，林秋錦是評審委員之一；1949年台灣文化協進會主辦的第二次音樂發表會，林秋錦獲邀演唱，獲得極佳的評價。

1950年秋，林秋錦應台灣省交響樂團團長蔡繼琨之邀，任該團合唱團團長兼特約歌唱家，經常與2該團在定期音樂會中聯合演出。1951年起受聘為台灣省立師範學院音樂系聲樂副教授，1954年起又兼任國防部政工幹校音樂系教職。在此期間，林秋錦不僅多次舉辦學生音樂學習成果發表會，也常和戴粹倫、戴序倫、張彩湘等教授合作演出；1964年林秋錦應邀前往日本東京參加音樂教育會議，並觀摩考察東京各音樂學府的教學、設備與制度，深入調查東京樂壇活動概況，以作為國內發展音樂教育得借鏡。1976年秋，應台南家政專科學校之邀，受聘擔任音樂科教授兼科主任3年之久，每週往返、南北奔波，為培育下一代音樂人才而奉獻心力。1980年林秋錦自師大音樂系退休，但在當時兩位系主任張大勝、曾道雄教授先後懇請之下，又復兼任了3年音樂系教授，直到1983年才真正結束了近50年的教育生涯，今天在台灣樂壇活躍的聲樂家如陳明律、金慶雲、任蓉、劉塞雲、范宇文…等，大都出自她的門下，林秋錦「台灣第一女高音」的稱號當之無愧，在台灣聲樂教育譜系裡，她就是源頭。